夏天气温高，对于玉米浆粉保存是个很突出的问题。 玉米浆粉本身富含糖、氮和微生物生长的无机微量元素和有机因子，如果保存不当，会大量滋生细菌、霉菌，导致其酸败变质。再加上玉米浆不均一、易于沉淀，投料后有可能发生消不透的情况。所以玉米浆的保存是一个大问题。大公司因为有冷库，所以一般都放在冷库里面保存。但低温下更易沉淀，底部厚厚一层，很难倒出来。
夏天玉米浆粉应该放于低温库中保存，否则极易腐败变质。(即使玉米油油封，常温保存仍有部分变质。)只是冷库需24小时运转，且冷库的库容要求巨大(因为企业对玉米浆的用量巨大)，保存成本太高。所以，玉米浆用量巨大的企业为了减少高耗能冷库的库容，降低原料的保存成本，现都纷纷改用微生物培养和发酵专用高氮玉米浆干粉了。
